Windowsの場合，
kanji-config-updmap status
というコマンドで利用可能な選択肢を確認すると，インストールされている Adobe 製ソフトウェアに依存しますが
CURRENT family : noEmbed
Standby family : ipa
Standby family : ipaex
Standby family : kozuka
Standby family : kozuka-pr6n
Standby family : ms
という感じの結果が得られると思います．
この中でライセンス的に確実に安全な選択肢はIPAフォントですので，見た目に拘らないならこれを使うべきです．
小塚フォントは Adobe のソフトウェアと一緒にインストールされていることが多いですが，フォントデータが再利用可能な形で配布してはいけないことになっているので，PDFに埋め込んで配布すると咎められる可能性があると思います．
MSゴシック/MS明朝に関してはフォントの埋め込み可能フラグが立っているので埋め込みを行って良いように思われますが，埋め込んだPDFの利用に関する明確な許諾範囲がネットではみつかりませんでした．また，見た目に関しても Macに標準で付属しているヒラギノフォントに比べるとちょっといけてない気がします．
埋め込み可能なヒラギノフォントの入手
というわけで，たいへんニッチな話題ですが，Windowsでヒラギノフォントを埋め込んだPDFを作る方法についてメモしておきます．
まず，ヒラギノフォントの入手方法ですが，僕は「一太郎2012承 プレミアム版」のバンドル品として入手しました．一太郎以外のソフトでも利用可能で，商用・非商用を問わずサブセットであれば埋め込んでよいと明記されているので安心です．
通常の手段で購入する場合はモリサワのセレクトパックなどで購入することになると思いますが，その場合は結構なお値段(Macより高いかも？)になるので 基本７書体パック の方を amazon とかで買ったほうが費用対効果が高いかもしれません．なお，Macに付属のフォントをWindowsにコピーすることは禁じられているはずなので注意してください．
ヒラギノフォントを利用可能にする設定
TeX Live 2013 にはヒラギノフォント用の設定が含まれていますが，Mac付属のものを前提としたものであり，一太郎バンドルのものを扱うには設定が必要です．
具体的にはフォントファイルのファイル名が異なるので，そのままでは認識してくれません．
この問題を解消するためには，c:\texlive\texmf-local\fonts\opentype\public\hiragino というフォルダを作成し，管理者権限でコマンドプロンプトを起動して以下のようなコマンドを入力します．
cd c:\texlive\texmf-local\fonts\opentype\public\hiragino
mklink HiraKakuProN-W3.otf "C:\Windows\Fonts\ヒラギノ角ゴ ProN W3.OTF"
mklink HiraKakuProN-W6.otf "C:\Windows\Fonts\ヒラギノ角ゴ ProN W6.OTF"
mklink HiraKakuStdN-W8.otf "C:\Windows\Fonts\ヒラギノ角ゴ StdN W8.OTF""
mklink HiraMaruProN-W4.otf "C:\Windows\Fonts\ヒラギノ丸ゴ StdN W4.OTF"
mklink HiraMinProN-W3.otf "C:\Windows\Fonts\ヒラギノ明朝 ProN W3.OTF"
mklink HiraMinProN-W6.otf "C:\Windows\Fonts\ヒラギノ明朝 ProN W6.OTF"
これによって TeX が認識するシンボリックリンクが作成されます．（ちなみに mklink コマンドが存在するのは Vista 以降の Windows です．）
その後，管理者権限ではない TeX Live のコマンドプロンプトで
mktexlsr
kanji-config-updmap status
kanji-config-updmap status
と入力すると
CURRENT family : noEmbed
Standby family : hiragino-pron
Standby family : ipa
Standby family : ipaex
Standby family : kozuka
Standby family : kozuka-pr6n
Standby family : ms
のように表示されているはずなので
kanji-config-updmap hiragino-pron
と入力すると，ヒラギノフォントが埋め込まれるようになります．
Windows10 Pro 最新Update済みの環境でなぜか、ヒラギノ明朝 Pro W3.otなどが
返信削除C:\Windows\Fontsへインストールできません。Windowsが拒否します。以前のWindows10ではそういう事態は発生しておらず。困っています。
ヒラギノフォントの埋め込みは上手くいっています。Texmaker64bit USB版で行っています。
W32TEXをD:\usrに64bitのものも含めて阿部インストーラーで導入し、
ヒラギノフォント6書体をD:\usr\share\texmf-dist\fonts\opentype\public\hiraginoに入れてmktexlsrして、Texmaker64bit USB版で"D:/usr/bin64/dvipdfmx.exe" -f D:\usr\share\texmf-dist\fonts\map\dvipdfmx\base\otf-hiragino.map %.dviでヒラギノフォントの埋め込みはできています。